Klorofiller: Bitkilerde kloroplast adı verilen organellerin içinde bulunur. Yeşil sebzelerin, meyvelerin ve yaprakların karakteristik özelliğini oluşturmaktadır. Klorofil, fotosentez sonucu bütün yeşil bitkilerde oluşan pigmentlerdir. Klorofil sadece ışığı haspsetmekle kalmaz, elde edilen enerjiyi bir molekülden diğerine transfer eder. Yapraklar yaşlandıkça klorofil parçalanır ve yeşil rengi kaybolur. Birçok meyve ham haldeyken yüksek miktarda klorofil içerdiğinden renkleri yeşildir. Fakat meyvede olgunlaşma ilerledikçe klorofil yavaş yavaş kaybolur. Sekiz farklı klorofil tipi vardır. Bunlar klorofil a, b, c, d, e, bakterioklorofil a, bakterioklorofil b ve klorobium klorofildir. Gruplandırma olarak klorofil a ve klorofil b olarak iki gruba ayrılır. Bunların molekül yapıları birbirine çok benzer. Klorofil a ve b molekülleri arasındaki tek fark, moleküller çözünürlük ve ışığı içine hapsetmek yönünden birbirlerinden ayrılırlar. Klorofil a, bakteriler hariç bütün yeşil bitkilerde, klorofil b, yüksek bitkilerde ve yeşil yosunlarda bulunur.

Karotenoidler: Yalnızca bitkilerden sentezlenen bileşiklerdir. Hücre içinde kloroplastlardan meydana gelen kromoplastlarda bulunurlar ve spor içeren vaskuler bitkiler, su yosunları ve fotosentetik bakteriler tarafından sentezlenirler. Genel olarak yağda çözünen, bitkisel ve hayvansal ürünlere sarıdan kırmızıya kadar renk veren bileşiklerdir. Sonbaharda bitkiler kışa hazırlanmak için, yapraklarına yeşil rengi veren klorofil üretimini durdurur. Yapraklar ölmeden ve toprağa düşmeden önce karotenoidler devreye girerek yapraklardaki turuncu, sarı ve kırmızı rengi ortaya çıkarır. Karotenoidlerin renkleri moleküllerindeki konjuge çift bağlardan kaynaklanır. Konjüge çift bağların sayısı arttıkça renk de koyulaşır. Bitkiler, saplarını ve yapraklarını güneş enerjisinden korumak için karotenoid üretir.

Fikobilinler: Hücrede var olan suda çözünebilir protein gruplarıdır. Sadece su yosunların da bulunurlar. Fotosentez esnasında kullanılan ışık enerjisinin hapsedilmesin de aktif rol oynarlar. Hapsettikleri ışık enerjisini klorofil pigmentine transfer ederler. Kırmızı su yosunların da bulunan kırmızı renkli fikobilinlere fikoeritrin, mavi yeşil su yosunların da bulunan mavi yeşil renkli fikobilinlere ise fikosiyanin adı verilir.